Naoki Konno

Excited to share a new preprint! We've discovered repeated evolution of protein 3D structure in recurrently emerged bacterial ALDH-ADH fusion enzymes. Repeatability of protein structural evolution following convergent gene fusions biorxiv.org/content/10.110…

【第6回オンラインセミナーのお知らせ&開催日アンケートのお願い】 8月下旬に大阪公立大の木山花博士を招聘し、オンラインセミナーを開催します！以下のフォームから開催日アンケートへのご協力をよろしくお願いいたします。 forms.gle/fp3jmjKnQEdZzv…

Undruggable ‘disordered’ proteins become druggable with new AI techniques from David Baker. @ScienceMagazine science.org/doi/10.1126/sc…

私たちの研究室の中川さんの論文がpreprintに出ました🎉バクテリアなのに何故かイントロンの多いPatescibacteriaを中心に、GroupIイントロンがいかにバクテリアゲノムに保持されているのかを調べました。実験的にリボザイムの切断も確認しました。個人的に初のリボザイム体験！

遅くなりましたが、公募班募集のご案内です！ 領域HPの公募要項に詳細がありますので、ご覧ください！ mobilegenome.k.u-tokyo.ac.jp/application_gu… 書式等はこちらのページから。 mext.go.jp/a_menu/shinkou…

Why do diffusion models use the same GNN structure across denoising? Our #ICML paper presents Noise-Conditioned Graph Networks, a class of GNNs that adapts the graph structure to the noise level of the generative process. 📄arxiv.org/abs/2507.09391 💻tinyurl.com/ncgn-code 🧵

I'm thrilled to share that a rotation project fully led by my first PhD student, the amazing Peter Pao-Huang @peterpaohuang, has been accepted to ICML 2025! Peter's paper, “Geometric Generative Modeling with Noise-Conditioned Graph Networks”, addresses a fundamental limitation…

【公募】「令和8（2026）年度科学研究費助成事業－科研費－（基盤研究（Ａ･Ｂ･Ｃ）、挑戦的研究、若手研究等）」の公募を開始しました。詳細は、ウェブページに掲載している公募要領をご確認ください。 🕟受付締切：9月17日（水）16：30 🔗jsps.go.jp/j-grantsinaid/…

Please RT🔁 I will be hosting this Synthetic Biology Workshop at @WPI_PRIMe in Osaka on July 15. Great lineup of speakers: @_mattrich, @Lab_Nagai, @CarldeBoerPhD, @nikashakiba, @kenjikamimoto68, @tToshimichiY. The event will be followed by a networking session🥸

特定研究員を募集しています！ 詳細は以下をご参照ください。 公募情報：kyoto-u.ac.jp/sites/default/… 研究内容：sites.google.com/kyoto-u.ac.jp/…

２本目の論文が出版されました。 ショウジョウバエの翅の形態変異を異なる生物学的階層で定量し、比較しました。 それらの結果から大進化と小進化の関係に新たな視点を提唱しています。 詳しくは読んでいただけると嬉しいです。 nature.com/articles/s4200…

こちらも是非

4/1より理化学研究所 生命機能科学研究センター @RIKEN_BDR で、AI生物学研究チームという研究室を始めます！ 「生命科学の研究現場にAIやロボットが普通にある日常」を研究していきます SPDR、学振PD/RPD/CPDの受入できます (下) HPはまだですが、[email protected]までお気軽にご相談ください

7月1日より理化学研究所が本務となりました！ 2018年からお世話になりました筑波大学の方では、医学医療系の客員准教授となり、ご厚意により引き続き研究を続けさせていただくこととなりました。 神戸にもつくばにも出没しますので、今後ともよろしくお願いいたします🙇

1/ 🧵Can protein language models reason about evolution, not just model it? We built a 24 M-param PLM, Phyla, that reconstructs phylogenetic trees better than existing PLMs. Details & links in 2/👇

卒業生の室くんが作った昆虫−植物間相互作用情報を収集したデータベースが公開されました。これからも充実していくと思うので、ご利用ください。入れて欲しいものを言ったら入れてくれるのかな。 insect-symbiosis.jp/mushihami/

今年、久しぶりに生命情報科学若手の会に参加します！ 面白そうな企画が目白押しで、今からとても楽しみです。 bioinfowakate.org/activities/mee…

＜＜＜研究成果＞＞＞ 2025年6月14日、京都大学 化学研究所の松井 求 先生の研究グループは、微生物ゲノム配列から微生物の特性や形質を予測するBac2Featureを開発したことを発表。 👇論文はコチラ👇 academic.oup.com/bioinformatics…

I'm excited to share that I will soon join UCLA's Bioengineering department as an Assistant Professor. I am incredibly fortunate to have landed my dream job in this current atmosphere, and I would like to thank my mentors, colleagues, and friends for their support.

🚨 new paper alert! science.org/doi/10.1126/sc… During my PhD, one of the most frustrating challenges was trying to interpret genes labeled as “hypothetical proteins.” 1/n

学術変革A「進化情報アセンブリ」領域の紹介シンポジウムおよび領域と関係するトヨタコンポン研シンポジウム「未踏探索の原理と限界」を同時開催します。参加をお待ちしております！日時：6月28日(土), 29日(日) 場所：東京大学生産技術研究所 (現地およびオンラインのハイブリッド開催)